十六世纪的兰佩杜萨几乎无人居住，史书对它着墨不多。但有一件事被载入史册：神圣罗马帝国皇帝查理五世的一支舰队在此沉没。
法泽洛的记载
西西里历史学家托马索·法泽洛在1557至1558年于巴勒莫出版的《西西里史》中记述了此事。他称兰佩杜萨是当时荒无人烟的佩拉杰群岛中最大的一座，并认为岛名源自岛上常见的闪电（意大利语 lampi）。他接着写道（据十六世纪意大利文版）：
这座岛在我所处的时代出了名，是因为查理五世皇帝的舰队，其指挥官热那亚人安东尼奥·多里亚在此不幸遭遇海难。
事件经过
1551年7月初，安东尼奥·多里亚率十五艘桨帆船从墨西拿出发，为“阿非利加”运送补给——这是当时对突尼斯马赫迪耶城的称呼，该城不久前刚从土耳其人手中夺取。据多里亚本人的报告，一场东北风突然来袭，夜里将舰队吹向小岛的北岸和东岸。
根据西西里海洋遗产管理局研究的文献，沉没的有安东尼奥·多里亚的三艘桨帆船（“卡皮塔纳”号、“斯佩兰扎”号和“阿米奇齐亚”号）、泰拉诺瓦侯爵的两艘、摩纳哥领主格里马尔迪家族的“帕特罗纳”号、文森佐·奇卡拉的“加塔”号以及西西里的“卡利法”号。其他船只在卡拉皮萨纳湾得以脱险。
重见天日的火炮
三个世纪后，小岛已成为波旁王朝的殖民地。阿格里真托国家档案馆保存的一份1853年6月的记录提到，从海中打捞出三门火炮和一支青铜火枪，由总督贝尔纳多·桑维森特送交政府。
2003年10月，两名当地潜水员文森佐·莫尔登蒂和彼得罗·洛布埃报告在小岛东侧卡拉皮萨纳湾口附近发现一门火炮。海洋遗产管理局与宪兵潜水队随后在约十米深处、海神草覆盖之下找到三门长约两米半的火炮。2005年又在附近发现了铁炮弹和砖块。
研究人员认为，安东尼奥·多里亚旗舰的残骸可能仍躺在小岛以北的海底。
资料来源： T. Fazello, De rebus Siculis Decades Duae, Palermo 1557-1558；A. Nobili, Artiglierie da fuoco nelle acque di Lampedusa fra storia e ritrovamenti, Soprintendenza del Mare, Regione Siciliana。
